本硕连读适用于除医学外的所有专业，而5+3一体化主要适用于医学临床科学专业。另外，本硕连读的课程要求很严格，有的学校规定如果一年有三门课程不及格或者七年有四门课程不及格，或者有课程补考也不及格，会被分流到普通本科。

1、 就读年数不同：

5+3一体化专业学制为五年，本硕博连读专业学制为本硕博连读5年。

2、 报考条件不同：

本硕博连读要求考生具有较好的学习能力，学业成绩优秀；5+3一体化报考条件要求考生为医学临床科学专业类别，且在入学前参加住院医师规范化培训。

3、 课程设置不同：

本硕博连读课程设置较为严格，而5+3一体化课程设置相对宽松，有较多自由时间。

4、 学习压力不同：

本硕博连读的课程要求很严格，如果有三门课程不及格或者七年有四门课程不及格，或者有课程补考也不及格，会被分流到普通本科，而5+3一体化获毕业证书和医学学士学位五年制毕业生，不需要参加硕士研究生入学考试，直接进入与住院医师规范化培训相衔接的专业学位硕士研究生教育阶段。

5、 毕业证不同：

本硕博连读获得的是本硕博连读的毕业证，而5+3一体化获得的是医学学士学位证和五年制毕业证。